Mnichovskou dohodou bylo Československu velmocemi nadiktováno odstoupení českého pohraničí hitlerovskému Německu. Druhá republika, připravená Německem, Polskem a Maďarskem o 30 % území a třetinu obyvatel bývalého Československa, se potýkala s obrovskými hospodářskými a sociálními problémy. České a židovské obyvatelstvo v zabraných Sudetech bylo vystaveno pronásledování, násilí a nuceno k opuštění svých domovů. Po uzavření mnichovské dohody uprchlo do českého vnitrozemí více než 120 tisíc Čechů a zhruba 17 tisíc Židů. Při sčítání lidu v květnu 1939 bylo v sudetské župě napočítáno již pouze 2363 osob, které odpovídaly definici Žida podle norimberských zákonů.
Křišťálová noc se nevyhnula ani okupovanému pohraničí. V Liberci, Opavě, Krnově, Falknově (dnes Sokolov), Karlových Varech a na mnoha dalších místech byly vypalovány synagogy a ničeny židovské obchody a byty. Mnoho Židů ze Sudet bylo posláno do koncentračních táborů. Křišťálová noc v Sudetech uspíšila proud židovských uprchlíků do českého vnitrozemí. Ty, kteří nechtěli odejít dobrovolně, vyvážely německé úřady násilně do nově vzniklého hraničního pásma s Československem.
Hořící synagoga v Opavě. (Foto: Archiv Židovského muzea v Praze.)
Zklamání, deziluze, pocit krize a nejistoty vedly k opouštění demokratických a liberálních hodnot první republiky a k oživení českého antisemitismu. Zpočátku se nenávistná kampaň obrátila především proti židovským uprchlíkům z Německa a ze Sudet, pro které prý nebylo v době národního ohrožení v republice místo. Vláda druhé republiky se bránila jejich přílivu a a především po křišťálové noci byli židovští uprchlíci českými úřady na hranicích vraceni. Někdy byli nuceni trávit dlouhou dobu v zemi nikoho, neboť je ani jedna strana nebyla ochotná přijmout.
Pocit vnějšího ohrožení a pád demokratických hodnot dal zelenou snahám o národní integraci, vyloučení nenárodních
prvků ze společnosti a hledání viníka za zánik první československé republiky. Propaganda pravicových stran spojených
ve Straně národní jednoty se obracela proti parlamentní demokracii, Benešovi a Masarykovi. V rámci hledání vnitřního
nepřítele, který údajně rozvracel jednotu českého národa, docházelo k oživení českého antisemitismu, který se
s takovou silou projevoval naposled na přelomu 19. a 20. století, v době tzv. hilsneriády. Především v katolickém
a agrárním tisku běžně vycházely antisemitské články a komentáře, v nichž byla Židům přikládána vina za ponížení
českého národa. Nově se aktivizovala krajní pravice a s ní i antisemitská propaganda českých fašistů.
Židé začali být omezováni ve výkonu povolání a byli propouštěni ze státní správy. Lékařské, advokátní a další profesní organizace usilovaly o vyloučení Židů a odstranění nepříjemné konkurence. Stejně jako tomu bylo v Německu, i české průmyslové kruhy spatřovaly v židovském majetku bohatou kořist. Byl omezován volný převod majetku emigrantů do zahraničí.
Antisemitskou štvanici podporoval vnější tlak nacistického Německa. Československému ministru zahraničí Františku
Chvalkovskému při návštěvě Berlína 21. ledna 1939 vytkl Adolf Hitler
nedostatečnou rozhodnost při řešení židovské otázky
v Československu. Bezprostředně poté rozhodla vláda o propouštění
státních zaměstnanců židovského původu. Vláda přijala též nařízení o přezkoumání státního občanství zaměřené
proti Židům, kteří nebyli české nebo slovenské národnosti. Na emigranty žijící v Československu byl vyvíjen tlak
k opuštění země a mohla jim být na základě rozhodnutí vlády ukládána různá omezení. Československá vláda
byla však ve svých protižidovských snahách omezována obavami z bojkotu československého zboží na západních trzích
a jednáním o zahraniční půjčku, která měla odlehčit přetíženým financím druhé republiky. Ta byla totiž vázána
na dodržování práv židovského obyvatelstva a část z ní měla být použita k financování židovské emigrace.
Většina protižidovských nařízení přijatých během druhé republiky však nemohla být v krátkém čase, který nacistické Německo zbytkovému Československu vyměřilo, plně realizována.