V noci z 14. na 15. března 1939 překročila vojska nacistického Německa české hranice. Československý prezident Emil
Hácha byl pod nátlakem v Berlíně donucen k souhlasu s nacistickou okupací českých zemí. 16. března byl Adolfem Hitlerem
v Praze vyhlášen tzv. Protektorát Čechy a Morava, v němž byly české země odsouzeny do područí Německa a Čechům
byla ponechána pouze omezená autonomie. V čele protektorátu
stál říšský protektor, kterým se stal Konstantin von
Neurath.
V době zřízení Protektorátu Čechy a Morava mělo podle oficiální statistiky na jeho území žít 118 310 Židů, z nichž se 103 960 hlásilo k židovskému vyznání. Zbytek byl jiného náboženství nebo bez vyznání.
Na protektorátním území mohli nacisté použít metody pronásledování a separace židovského obyvatelstva vyzkoušené již dříve v Německu, případně v připojeném Rakousku. Svůj vliv na protižidovskou politiku chtěla prokázat i protektorátní vláda, která měla především zájem na převedení židovského majetku do českých rukou. Tím se kromě jiného chtěla bránit obávané germanizaci. Omezení práv a svobod židovských obyvatel tak na sebe po vzniku Protektorátu nenechala dlouho čekat. Antisemitismus druhé republiky po okupaci okamžitě přerostl v praktickou protižidovskou politiku.
V počátcích okupace se snažily radikálně pravicové organizace - např. fašistická Vlajka - těžit z nastalé situace a domnívaly se, že bude dán volný průchod protižidovskému násilí. Množily se útoky na židovské objekty (synagogy) i proti jednotlivým Židům. Na jaře 1939 např. fašisté zapálili synagogu v Jihlavě, poškodili synagogu v Dobříší a provedli protižidovský pogrom v Příbrami. Silné protižidovské výtržnosti byly hlášeny v srpnu 1939 v Brně, kde byla řada Židů surově napadena a zbita. Na druhou stranu je třeba konstatovat, že české bezpečnostní složky většinou proti antisemitským výtržníkům zasahovaly a že akce českých fašistů nezískaly masovou podporu.
Synagoga v Třeboni pomalovaná hákovým křížem a karikaturou oběšeného Žida. (Foto: Archiv Židovského muzea v Praze.)
Protektorátní vláda již na své první schůzi zakázala židovským lékařům výkon praxe ve veřejných institucích
a vzala na vědomí zastavení praxe židovských advokátů ze strany advokátní komory. Židé měli být odstraněni ze
všech vedoucích míst v průmyslových podnicích a dalších organizacích. Bylo schváleno vydání zvláštních nálepek
k označení árijských
obchodů. Další opatření protektorátní vlády směřovala k zamezení volného nakládání
s židovským majetkem a k jeho přebírání do české správy. To ale nebylo říšským protektorem Konstantinem von Neurathem
schváleno, neboť okupační úřady a německé průmyslové kruhy nebyly ochotné připustit arizaci židovského majetku
do českých rukou.
Namísto toho vydal 21. června 1939 říšský protektor vlastní nařízení o židovském majetku, v němž byla na území Protektorátu pro definici židovství poprvé uplatněna rasová kritéria norimberských zákonů. Říšský protektor tím převzal iniciativu v protižidovské legislativě do svých rukou. Nařízení zakazovalo Židům a židovským podnikům svobodně nakládat s vlastním majetkem, přičemž říšský protektor dosazoval do židovských podniků nucené správce. Velmi široká definice židovského majetku a židovského podniku umožňovala okupačním úřadům prostřednictvím arizace germanizovat velkou část českých podniků.
Nacistické úřady zpočátku podporovaly židovskou emigraci a snažili se donutit co největší část židovského obyvatelstva k útěku do zahraničí. Za cestu ke svobodě museli emigranti platit vysoké poplatky a zanechat Říši většinu svého majetku. V červenci 1939 byla podle vídeňského vzoru Adolfa Eichmanna zřízena Ústředna pro židovské vystěhovalectví, která od této chvíle představovala jediný legální způsob emigrace. Ústředna ve složité a pro žadatele ponižující proceduře vyřizovala formality k emigraci, zajišťovala převzetí majetku emigrantů a zároveň vykonávala dohled nad židovskou náboženskou obcí.
Emigrace však byla stále obtížnější. Neustále se snižoval počet států, které byly židovské emigranty ochotny
přijímat. Západní země, bránící se přílivu uprchlíků z Německa a jím okupovaných zemí, stanovily velmi nízké
roční limity. Ty platily i pro Palestinu, kam utíkali především členové sionistických organizací. Po rozpoutání
války se počet možných cílových zemí dále snižoval a nakonec byli emigranti odkázáni především na země Jižní
Ameriky a Šanghaj. Také počty emigrantů se stále snižovaly. Zatímco v roce 1939 se z Protektorátu legálně vystěhovalo
19 016 a v roce 1940 ještě 6176 Židů, v roce 1941 to bylo jen 535 a během následujících dvou let pouhých 93 osob.
Celkem se tedy legálně z protektorátu vystěhovalo 26 093 Židů. K nim je třeba připočítat ty, kteří z Protektorátu
utíkali ilegálně, především do Polska a po jeho obsazení na Slovensko. Celkem se odhaduje, že dohromady z Protektorátu
uniklo zhruba 30 000 Židů. Řada z nich se později zapojila do zahraničního odboje. Část z nich také konečné řešení
židovské otázky
zastihlo v jiné zemi okupované Německem nebo nacházející se v nacistické sféře moci. Jenom transporty
z Francie do Osvětimi bylo na smrt odvlečeno více než 600 bývalých československých občanů.