Od nacistické okupace již židovské obce nemohly být považovány za dobrovolné organizace s náboženským účelem. Nacisté dosazovali jejich vedoucí funkcionáře a snažili se přetvořit je v nástroj protižidovské politiky. Židovské obce v českých zemích byly plně podřízeny Ústředně pro židovské vystěhovalectví v Praze. Funkcionáři židovských obcí se tak pohybovali na tenkém ledě mezi pomocí svým potřebným členům a vynucenou spoluprací s nacistickými úřady.
Ihned po okupaci došlo ke smíru mezi svářícími se proudy uvnitř židovské společnosti. Čeští asimilanté a sionisté
se dohodli na spolupráci při vedení židovské obce. Situace byla natolik vážná, že se jejich dřívější spory zdály
být nevýznamné. Představitelé židovských obcí se snažili zabránit nejhoršímu a usilovali o zmírnění a zpomalení
protižidovských opatření nacistů. Na druhou stranu byli donuceni se podílet na provádění antisemitské politiky Třetí
říše
a a byli donuceni registrovat své členy či připravovat seznamy osob k deportacím. Nelze zapomínat na to, že
vedoucí funkcionáři židovských obcí pracovali pod neustálou hrozbou uvěznění a smrti a že jen málo z nich se dožilo
konce války.
V prvních letech okupace byla hlavním cílem židovských obcí pomoc sociálně slabým a nemocným členům a podpora emigrace. Židovské zprávy, časopis, který musela židovská obec vydávat, tak přinášely množství výzev ke sbírkám na pomoc potřebným a zároveň otiskovaly desítky článků o možnostech a způsobech emigrace a oslavovaly nový typ manuálně pracujícího Žida. Především pro usnadnění emigrace pořádala židovská obec v Praze velké množství přeškolovacích kursů, v nichž měli účastníci získat základy praktických povolání.
Kartotéka na Židovské náboženské obci v Praze. (Foto: Archiv Židovského muzea v Praze.
Židovské obce musely vést evidenci všech svých členů. Ta původně sloužila především pro zajištění sociální
pomoci a emigrace, později však musela být využívána jako podklad pro deportace. Bezprostředně po okupaci musely židovské
náboženské obce vypracovat jmenné seznamy svých členů. V říjnu 1939 byla nařízena registrace židovského obyvatelstva
Protektorátu, při níž byli poprvé registrováni též Židé jiného vyznání než židovského, případně bez vyznání.
Bylo zaregistrováno 80 319 osob židovského vyznání a 9828 Židů nemojžíšského vyznání
. Všem osobám, které nebyly
židovského vyznání, ale vztahovala se na ně definice Žida podle norimberských zákonů, bylo nařízeno, aby se přihlásili
u židovské náboženské obce. Počet jmenovitě registrovaných židovských obyvatel stoupl o 12 680 na téměř 103 000.
Od března 1940 byli všichni Židé i židovské organizace podřízeny Židovské náboženské obci v Praze, včetně osob nežidovského vyznání nebo bez vyznání. Židovská obec měla za úkol vybírat zvláštní poplatky a daně uložené židovskému obyvatelstvu, pomáhat potřebným Židům, spoluorganizovat emigraci a později deportace Židů a naplňovat další nařízení Ústředny a gestapa. Pražská obec vytvořila kvůli těmto úkolům velmi rozsáhlý byrokratický aparát a zaměstnávala zhruba 2600 pracovníků. Probíhající arizace a ožebračování židovského obyvatelstva stavěla obec před obrovský úkol. Většina Židů byla bez placeného zaměstnání a musela žít z úspor, jejichž čerpání bylo omezeno, nebo byla odkázána na pomoc náboženské obce. Náboženská obec také vykonávala funkce pracovního úřadu a organizovala pracovní nasazení Židů.
Od podzimu 1941 nesměli Židé vykonávat veřejné bohoslužby. Místo náboženského využití mělo nyní mnoho synagog zcela odlišný úkol: staly se skladišti arizovaného majetku. Všechny zabavené předměty musely být pečlivě roztříděny a evidovány. Předměty z rušených synagog z celého Protektorátu byly shromažďovány v pražském židovském muzeu, kde byly tříděny skupinou odborníků, kteří usilovali o záchranu toho mála, co z židovských komunit, jejichž členové byli deportováni, ještě zbylo. Jejich práce byla ze strany nacistů neustále ztěžována a zneužívána a pracovníci muzea byli postupně zařazováni do deportací.
Sklad arizovaných předmětů v karlínské synagoze. (Foto: Archiv Židovského muzea v Praze.)
Nejsmutnější kapitolou působení židovské obce za nacistické okupace byl její vynucený podíl na deportacích. Od podzimu 1941 do jara 1945 se musela židovská obec podílet na své vlastní likvidaci, rozesílat povolání do transportu a zajišťovat jeho hladký průběh. Židovská obec však nevybírala ty, kteří měli být do transportu zařazeni. Od Ústředny pro židovské vystěhovalectví dostala vždy zhruba 1200 až 1300 kartotéčních lístků, z nichž pak transportní oddělení obce pouze vytřídilo ty, kteří byli z jakýchkoli důvodů (např. zaměstnání rodinného příslušníka na obci) před transportem chráněni. Přestože deportaci nařizovali nacistické orgány, vnímali mnozí deportovaní židovskou obce jako organizátora deportací. I tento klam byl součástí nacistické politiky vůči židovským obcím.