Seit der Gründung der 1. Tschechoslowakischen Republik im Jahre 1918 hatte es immer wieder Unzufriedenheiten unter den Mitgliedern der deutschsprachigen Minderheit in der Tschechoslowakei gegeben. Die 1933 gegründete „Sudetendeutsche Heimatfront“ (ab 1935 „Sudetendeutsche Partei“, SdP) bündelte einige Jahre verschiedene politische Strömungen unter den Sudetendeutschen. Mit der Zeit und nicht zuletzt durch finanzielle Unterstützung durch verschiedene Institutionen Nazi-Deutschlands setzten sich die Mitglieder der 1933 verbotenen Deutschen Nationalsozialistischen Arbeiterpartei (DNSAP) innerhalb der SdP immer weiter durch, bis sich 1937 der Vorsitzende der SdP, Konrad Henlein, auch offiziell an Hitler wandte und um Unterstützung bat. Im April 1938 schließlich verabschiedete die Partei das „Karlsbader Programm“, dessen Inhalt gemäß der Anweisung Hitlers an Henlein Forderungen enthielt, die die tschechoslowakische Regierung unmöglich hätte annehmen können, da sie das Ende des eigenen Staates besiegelt hätten.
Mit Hilfe der SdP wurde so die Sudetenkrise heraufbeschworen, die im September 1939 mit dem Münchner Abkommen beigelegt werden sollte. In NS-Deutschland gab es seit 1937 Pläne für die Eroberung der Tschechoslowakei. Nun gab Hitler vor, keinen Krieg zu wollen, sondern lediglich um das Schicksal der Deutschen in der Tschechoslowakei besorgt zu sein und daher die Abtretung des Sudetenlandes an Deutschland zu fordern. In dem Glauben, auf diese Weise einen Krieg in Europa verhindern zu können, stimmten Großbritannien und Frankreich, eigentlich Schutzmächte der Tschechoslowakei, dem von Mussolini eingefädelten Pakt am 29. September 1939 zu. Weder die Tschechoslowakei noch die mit ihr verbündete Sowjetunion wurden zu den Verhandlungen eingeladen.
Durch das Münchner Abkommen wurde der Tschechoslowakei von den Großmächten die Abtretung derjenigen Gebiete, in denen viele Deutsche lebten, an das Deutsche Reich diktiert. Weitere Regionen gingen an Polen und Ungarn. Das verbliebene Gebiet bildete nun die sogenannte 2. Tschecho-Slowakische Republik. Diese, nun um 30 % kleiner, stand vor großen wirtschaftlichen und sozialen Problemen. Nach dem Inkrafttreten des Münchner Abkommens flohen mehr als 120.000 Tschechinnen und Tschechen sowie ungefähr 17.000 Jüdinnen und ins tschechische Landesinnere.
Hitler und die Nazis gaben sich jedoch mit den Sudetengebieten gemäß ihrer bereits länger gehegten Pläne zur Eroberung
Europas nicht zufrieden. Unter dem Vorwand, die 2. Tschecho-Slowakische Republik sei eine Art „failed state“ und die Tschechen
könnten sich selbst nicht regieren, überquerte die Wehrmacht in der Nacht zum 14. März 1939 die Grenze zur von den Nazis
so genannten „Rest-Tschechei“ und in Berlin wurde der tschecho-slowakische Präsident Emil Hácha gezwungen, der Besetzung
seines Landes zuzustimmen.
Reinhard Heydrich besucht mit seiner Frau Lina ein Konzert im Prager Waldstein-Palast anläßlich der "Prager-Musikwoche", 26. Mai 1942 (Quelle: Bundesarchiv, Bild 146-1972-039-24 / CC-BY-SA 3.0)
Am 16. März 1939 rief Adolf Hitler in Prag das „Protektorat Böhmen und Mähren“ aus. Mit dem „Erlaß des Führers und Reichskanzlers über das Proktektorat Böhmen und Mähren“ vom selben Tag wurde die Tschecho-Slowakische Republik zum Teil des Deutschen Reichs erklärt, offiziell aber eine gewisse Autonomie gewährt. Als Stellvertreter Hitlers wurde als „Reichsprotektor“ zunächst Konstantin von Neurath eingesetzt. Im Sommer 1941 wurde er durch Reinhard Heydrich, Chef des RSHA und „Organisator des Holocaust“ ersetzt, erhielt jedoch den Titel „Stellvertretender Reichsprotektor“, da die Nazis von Neurath ohne großes Aufsehen „wegloben“ wollten. Heydrich verschärfte die Repressionen gegen die tschechische Bevölkerung im „Protektorat“ und war u.a. auch maßgeblich an der Errichtung des „Ghettos“ Theresienstadt beteiligt. Nach dem erfolgreichen Attentat auf Heydrich und dessen darauf folgenden Tod wurde Kurt Daluege, der Chef der Ordnungspolizei im Reichsministerium des Innern zu Heydrichs Nachfolger ernannt. Auf Daluege folgte von August 1943 bis zum Kriegsende noch der ehemalige Reichsminister des Innern, Wilhelm Frick als „Stellvertretender Reichsprotektor“. Die „Autonomie“ und Selbstverwaltung, von der der Führererlaß vom 16. März 1939 gesprochen hatte fand darin ihren Ausdruck, dass es weiterhin eine tschechische Regierung sowie Behörden gab. Staatspräsident blieb Emil Hácha, Regierungschef waren nacheinander zunächst Rudolf Beran, Alois Eliáš, Jaroslav Krejčí und Richard Bienert. Die Parteien waren jedoch verboten worden und durch die sogenannte „Nationale Gemeinschaft“ (Národní souručenství) ersetzt worden. Die Regierung Rudolf Berans trat am 27. April 1939 zurück, Alois Eliáš wurde 1941 verhaftet, da ihm Kontakte zum tschechoslowakischen Widerstand vorgeworfen wurden. Krejčí wurde im Januar 1945 abgelöst von Bienert, dem ehemaligen Polizeipräsidenten Prags. De facto waren alle vier offiziellen Protektoratsregierungen jedoch dem jeweiligen „(Stellvertretenden) Reichsprotektoren“ untergeordnet.