Podobně jako ostatní druhy tradičního antisemitismu také nařčení z trávení studní má svoje kořeny v hlubokém středověku a je inspirováno náboženským vnímáním světa, které bylo v této době běžnou realitou. Středověká věda neznala původ některých infekčních nemocí, neměla ponětí o existenci nejrůznějších bakterií a virů. Evropa byla v průběhu staletí několikrát zasažena epidemií černého moru a dalších nemocí, při kterých zahynula mnohdy až polovina obyvatel. Pro tyto epidemie nenabízela tehdejší věda žádné vysvětlení, a proto přeživší nákaz hledali viníky, které by mohli z takové tragédie osočit a tím si tyto náročné životní útrapy vysvětlit.
A proč měli být obviněnými právě Židé? Ti totiž žili v době středověku v izolovaných ghettech, kde měli veškeré sociální zázemí a tedy i vlastní studně. Křesťanům se tehdy zdálo velmi pravděpodobné, že Židé otrávili studně mimo ghetta proto, aby způsobili smrt co největšímu počtu křesťanů. Antisemitské obvinění, že Židé touží zabíjet křesťany (které je také motivem osočení z rituální vraždy), pramení z přesvědčení, že Židé způsobili smrt Ježíše Krista. Proto tedy antisemité tvrdili a tvrdí, že Židé se snaží i nadále zneškodňovat křesťany třeba právě pomocí trávení studní.
Právě vlny epidemií, které ve středověku představovaly pro obyvatelstvo životní tragédie, a osočování Židů z jejich zavinění a šíření, se staly rozbuškou pro obrovské pogromy, při kterých bylo zavražděno mnoho Židů odplatou za jejich údajnou vinu. K nejrozsáhlejší vlně pogromů vyvolaných obviněními z otravování studní čelili Židé v letech 1348 a 1349, tedy období největší morové epidemie v Evropě, v německých zemích, částečně také v Čechách a na Moravě (k největšímu pogromu došlo v roce 1350 v Chebu). K nejmohutnějším výbuchům protižidovské nenávisti došlo v Aušpurku, Norimberku, Trevíru, Basileji a Frankfurtu nad Mohanem, celkem bylo v Německu vyvražděno více než 200 židovských obcí. Také ve Francii, Švýcarsku a Rakousku byly Židé upalováni, topeni nebo pobíjeni. Jako římský císař sehrál v této době svou roli také Karel IV., který z politických důvodů ve většině případů, kromě pogromu v Augšpurku, nechal viníky nepotrestanými. Někdy také z finančních důvodů vydával předem jakési pardony pro připravovaný pogrom - částku půjčenou panovníkovi si místní mohli vybrat při pogromu v židovském ghettu.