V historickém povědomí české veřejnosti je poměrně málo známo, že „křišťálová noc“ proběhla též v pohraničí českých zemí, jež bylo na základě mnichovské dohody z 30. září 1938 přičleněno k Německu. Její průběh byl specifický tím, že k ní došlo pouze několik týdnů po obsazení, ve městech posetých hákovými kříži a v době překotné „arizace“ židovského majetku. „Křišťálová noc“ se tak v pohraničí odehrávala za stále doznívajících vášní, nadšení i hrůzy, z mnichovského verdiktu. Mnoho sudetských Němců nyní narychlo vstupovalo do nacistické strany nebo do čerstvě zřízených bojůvek SA a toužilo po „odplatě“ vůči Židům a Čechům. Již před 9. listopadem byly dříve významné židovské obce v pohraničí rozvráceny: ze zhruba 28 tisíc předmnichovských židovských obyvatel jich do té doby přinejmenším 12 tisíc uprchlo. Židé a političtí odpůrci nacistů ostatně z pohraničí v oprávněných obavách z násilí nacistických bojůvek utíkali již dříve, a to především v době květnové mobilizace a vystupňovaného konfliktu v září. Na mnoha místech tak již v listopadu byly synagogy uzavřeny, židovské obce nefungovaly a často zůstávaly především ty židovské rodiny, které měly nežidovské příbuzné. I přes překážky kladené židovským uprchlíkům československými úřady se před nebo po „křišťálové noci“ většině sudetských Židů podařilo uchýlit do vnitrozemí českých zemí. Odtud však byla později velká část z nich deportována do ghett a koncentračních táborů.
Je až zarážející, jak obtížné je v mnoha případech průběh „křišťálové noci“ v pohraničí reprodukovat. Dodnes jsou místa, o nichž je pouze známo, že v době mezi mnichovskou dohodou a rokem 1945 byla zničena či zdevastována synagoga, poškozen či zrušen hřbitov. Úřední dokumenty jsou v mnoha případech více než skoupé a dobový tisk, řízený podle propagandistického pravítka, obsahoval především antisemitské články o pařížském atentátu jako výrazu židovského světového spiknutí. Především však chybí výpověď očitých svědků: například mezi rozhovory s židovskými pamětníky, které natáčelo a natáčí Židovské muzeum v Praze, by je bylo možné spočítat na prstech jedné ruky. I když připočteme ty publikované, je stopa paměti o pogromu v pohraničí více než přerušovaná. V paměti sudetských Němců pak protižidovské násilí po Mnichovu hraje jen minimální roli – a tak i vzpomínek českých Němců na hořící synagogy a odvlékání je naprosté minimum.
Kdo byli pachatelé?
S odstupem času a kvůli nedostatku pramenů není snadné přesně posoudit, kdo byli pachatelé. V sudetoněmecké poválečné tradici se často traduje, že v pohraničí nebyli nacisté několik týdnů po mnichovské dohodě ještě tak pevně etablováni a že místní se zdráhali účastnit se nařízeného protižidovského pogromu. Je však zřejmé, že – podobně jako ve „Staré Říši“ – byly hlavními vykonavateli místní jednotky SA, Hitlerjugend a do jisté míry též pomocná policie, příslušníci SS či gestapa. Do těchto organizací byli včleněni členové původních organizací Henleinovy Sudetoněmecké strany. Právě oni, ať již se jednalo o příslušníky paramilitární Sudetendeutscher Freikorps nebo mládežnických organizací, stáli za velkou částí násilí proti politickým protivníkům nacismu, Čechům a Židům, před i po mnichovské dohodě. Bylo by ostatně velmi s podivem, kdyby se právě tyto radikalizované a k násilí připravené jednotky protižidovského násilí neúčastnily.
Na druhou stranu však vypalování synagog a další násilnosti v žádném případě nebylo spontánním projevem lidového rozhořčení, za nějž jej vydávala nacistická propaganda. Zatímco výkon akce zůstával v rukou malé skupiny – zpravidla organizovaných – nacistů, většina sudetských Němců vypalování synagog či zatýkání spíše přihlížela. A to ovšem s velkým zájmem: zprávy z více míst potvrzují, že požáry synagog přitahovaly pozornost místních obyvatel – jestli byli pobouřeni, byli lhostejní, či násilí schvalovali, lze jen obtížně zjistit. Obvyklé byly zřejmě odsudky zbytečného ničení majetku. Snaha pomoci pronásledovaným Židům byla spíše výjimečná: ať již to bylo ze strachu či souhlasu s nacisty. Pokud se sudetští Němci snažili zachránit synagogy, což je z více míst doloženo, nevyjadřovali otevřeně svůj odpor k nacismu a antisemitismu, ale poukazovali na nebezpečí požáru pro okolní budovy, nebo akci provedli formálně, takovým způsobem, aby budovu nezničili. Například městští radní v Krnově měli příkaz lstivě obejít tím, že místo synagogy vypálili pouze obřadní síň na hřbitově a „templ“ vyhlásili za městskou tržnici.
Celkem bylo podle dosavadního výzkumu vypáleno či jinak poškozeno zhruba 35 synagog v pohraničí, neznámé množství židovských mužů bylo odvezeno do koncentračních táborů Dachau či Sachsenhausen. Ti, kteří přežili, byli nuceni podepsat závazek o rychlé emigraci z území Německa. Další Židé byli vězněni v improvizovaných táborech zřízených na více než deseti místech v Sudetech. Násilí a vyhánění zredukovalo židovské komunity v pohraničí na pouhý zlomek jejich původního počtu.
Sedmdesáté výročí listopadového pogromu v pohraničí není významné pouze kvůli loňskému pokusu českých neonacistů o pochod skrze pražský Josefov, ale také tím, že si připomínáme osudy zaniklých židovských komunit a jejich soužití s většinovou společností. Střípky jejich osudů jen postupně skládají lokální historici. Dějiny soužití Židů, Němců a Čechů v českém pohraničí tak stále ještě nejsou napsány.