Von Kriegsbeginn an gab es immer wieder Bemühungen, Jüdinnen und Juden aus dem Deutschen Reich "in den Osten" zu deportieren. Die im Oktober 1939 von Adolf Eichmann organisierten Deportationen nach Nisko wurden bald wieder abgebrochen. Im Februar 1940 wurden 1000 Juden aus Szcezecin und Umgebung mitten in der Nacht aus ihren Wohnungen getrieben und in drei Dörfer in der Nähe von Lublin deportiert. Dies begründeten die Nazis damit, dass sie deren Wohnungen aus kriegswirtschaftlichen Gründen dringend benötigten. Im Oktober 1940 wurden 6 500 Juden aus Baden, der Pfalz und dem Saarland nach Südfrankreich deportiert, wo sie vom Vichy-Regime interniert wurden.
Die Deportation von Juden aus Würzburg, 25. April 1942. (Foto: Nationalarchive, mit Genehmigung des USHMM Photo Archives.)
Im Herbst 1941 begannen schließlich die systematischen Deportationen der Jüdinnen und Juden aus Deutschland und den von Deutschland besetzten Gebieten in die Vernichtungslager. Zeitgleich wurde ein Ausreiseverbot für Jüdinnen und Juden verhängt. Jüdinnen und Juden mussten sich an bestimmten einfinden, die in den jeweiligen Deportationsbefehlen angegeben waren und temporäre Sammelstationen waren, die in verschiedensten, gerade verfügbaren Orten eingerichtet wurden, manchmal in Gaststätten, manchmal aber auch in Schlachthöfen. Oft mussten die Menschen hier mehrere Tage auf ihre Deportation warten. Während dieser Zeit wurde ihnen nicht nur ihr verbliebenes Eigentum geraubt, sondern auch der Rest ihrer bürgerlichen Identität. Jedem wurde eine „Evakuierungsnummer“ - eine Nummer für die Deportation - zugewiesen. Sie mussten ihre Wohnungsschlüssel abgeben und alle noch ausstehenden Rechnungen für Wasser, Elektrizität und Gas begleichen. Dieser Eigentumsdiebstahl wurde durch die "Elfte Durchführungsverordnung" der Nürnberger Gesetze, veröffentlicht am 25. November 1941, legalisiert. Unter anderem besagte diese Verordnung, dass Jüdinnen und Juden, die ins Ausland gingen, ihre deutsche Staatsbürgerschaft verlieren und all ihr Vermögen an das Reich fiel. Diese Verordnung legalisierte aber nur den Raub an einem Teil der Deportierten. Weder Theresienstadt noch Auschwitz lagen zu diesem Zeitpunkt rechtlich gesehen im „Ausland“. Dennoch wurde von den deutschen Behörden eine Depotation nach Auschwitz als „Abwanderung nach dem Osten“ betrachtet, während zumindest einige derjenigen, die nach Theresienstadt deportiert wurden, eine spezielle Verfügung über die Einziehung ihres Vermögens von dem für ihren vorherigen Wohnort zuständigen Finanzamt erhielten.
Die Transporte wurden von der Abteilung IV B 4 des Reichssicherheitshauptamtes (RSHA), unter der Leitung von Adolf Eichmann, organisiert. Dort wurde in den Jahren 1942 und 1943 Zahl, Bestimmungsort und Anzahl der zu Deportierenden aus ganz Europa bestimmt. Eichmanns Amt koordinierte die Deportationen mit anderen Behörden, vor allem mit den Eisenbahnbehörden der betroffenen Länder. Der gesamten Deportationsprozess, der unter anderem aus Selektion, Enteignung und Vorbereitung der Transportdokumente bestand, hielt einen gewaltigen Beamtenapparat beschäftigt. Die Nazis zwangen die jüdischen Gemeinden dazu, bei der Organisation und Zusammenstellung der Transporte mitzuwirken.
Ab Oktober/November 1941 wurden Jüdinnen und Juden zumeist in Gruppen von ca. 1 000 Menschen aus deutschen und österreichischen Städten und dem „Protektorat“ zunächst in die Ghettos im sogenannten „Generalgouvernement“ deportiert. Einige verhungerten oder erfroren, andere wurden an Ort und Stelle hingerichtet, andere wurden später in die Vernichtungslager Kulmhof, Belzec, Sobibor, Treblinka sowie Majdanek und Auschwitz-Birkenau weiter deportiert. Zwischen dem 8. November 1941 und dem 25. Januar 1942 wurden ca. 50 000 Männer, Frauen und Kinder aus dem Deutschen Reich, einschließlich Österreich, deportiert. Ab dem 6. März 1942 erfolgte die Deporation von ca. 55 000 weiterer Menschen. Von 1942 bis 1945 war das Vernichtungslager in Auschwitz-Birkenau Ziel der meisten Transporte. Von 1942 an bis zum Kriegsende fanden immer weitere Deportationen aus den von den Nazis kontrollierten Ländern statt. Zwischen März und August 1942 wurden beinahe 58 000 slowakische Jüdinnen und Juden mit Zustimmung der slowakischen Regierung vor allem nach Auschwitz, aber auch in andere Konzentrations- oder Vernichtungslager deportiert. Im Juli 1942 begannen die Deportationen der Jüdinnen und Juden aus Nordfrankreich, Belgien und den Niederlanden. Im August 1942 folgten ihnen 5 500 kroatische und im November 500 norwegische Jüdinnen und Juden.
Die meisten Länder, die sich in der Machtsphäre der Nazis befanden, aber nicht von deutschen Truppen besetzt waren, übergaben ihnen ausländische Jüdinnen und Juden, die sich auf ihrem Staatsgebiet aufhielten. Gleichzeitig verweigerten sie häufig die Deportation ihrer eigenen Staatsangehörigen in die Vernichtungslager, gleichwohl wurden auch sie Opfer staatlicher Diskriminerung und des Ausschlusses aus der Gesellschaft (mit Ausnahme der Slowakei, s.o.). Im Jahre 1943 verhandelten die deutschen Behörden die Deportation von 11 000 Jüdinnen und Juden aus Bulgarien, Makedonien und Thrakien. Diese Gebiete waren neu an Bulgarien angegliedert worden und die dort lebenden Jüdinnen und Juden hatten die bulgarische Staatsbürgerschaft noch nicht erhalten. Sie wurden in Treblinka ermordet. Den restlichen bulgarischen Juden blieb die Deportation aufgrund der Opposition und der schwindenden Wahrscheinlichkeit, dass Deutschland den Krieg gewinnen würde, erspart.
Nach der Niederlage bei Stalingrad wurde es für das Deutsche Außenamt und das Eichmannreferat immer schwieriger, die Zustimmung zur Deportation der einheimischen Jüdinnen und Juden zu erlangen. Obwohl die rumänischen Behörden die „Einsatzgruppe D“ bei der Vernichtung und Deportation „ausländischer Juden“ aus Bukovina und Transnistrien unterstützen, stimmte die rumänische Regierung den Deportationen nicht zu. Im Jahre 1943 deportierten die Nazis 46 000 Jüdinnen und Juden aus dem von der Wehrmacht besetzten Nordgriechenland. Ein Beispiel, das seinesgleichen sucht, bleibt die spektakuläre und mit Unterstützung der Mehrheitsbevölkerung organisierte Massenflucht der dänischen Jüdinnen und Juden. So konnten die Nazis nur weniger als 500 dänischer Jüdinnen und Juden habhaft werden, die sie nach Theresienstadt deportierten. Zur selben Zeit begannen Deportationen aus Italien, das von der Deutschen Armee besetzt wurde, nachdem es zu den Alliierten übergelaufen war.
Auch nachdem überdeutlich geworden war, dass Deutschland den Krieg verlieren würde, wurden die Massendeportationen von Jüdinnen und Juden aus Westeuropa und Norditalien in die Vernichtungslager fortgesetzt. Transporte von Theresienstadt nach Auschwitz und ins letzte verbleibende große Ghetto, Litzmannstadt, fanden weiterhin statt. Die Deportationen aus der im Sommer 1944 von der Wehrmacht besetzten Slowakei wurden wieder aufgenommen. Die größte Anzahl an Transporten kam gegen Kriegsende aus Ungarn, das im März 1944 von den Deutschen besetzt worden war. Innerhalb weniger Monate gelang es Eichmann und seinen Kollegen, 437 000 ungarische Jüdinnen und Juden nach Auschwitz zu deportieren.
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