Zur Zeit der Errichtung des „Protektorats Böhmen und Mähren“ lebten laut offiziellen Angaben mehr als 100 000 Personen, die der Definition der „Nürnberger Gesetze“ zufolge als „jüdisch“ zu gelten hatten. Die Nazis wandten im Protektorat dieselben Methoden zur Verfolgung der jüdischen Bevölkerung an, die sie bereits in Deutschland sowie im annektierten Österreich erfolgreich durchgeführt hatten. Die Protektoratsregierung wollte ebenfalls Einfluss auf die antijüdische Politik nehmen und interessierte sich dabei vor vor allem dafür, jüdisches Eigentum in tschechische Hände übertragen, was auch im Zusammenhang mit der von den Nazis geplanten „Germanisierung“ des Gebiets zusammenhing. Aber auch Antisemitismus spielte eine Rolle dabei, dass es nach der Errichtung des „Protektorats“ nicht lange dauerte, bis die Rechte und Freiheiten der jüdischen Bevölkerung eingeschränkt wurden.
Zu Beginn der deutschen Besatzung versuchten rechtsradikale Organisationen wie die faschistische „Vlajka“ (Flagge)-Bewegung, die neue Situation zu ihren eigenen Gunsten auszunützen. Sie waren davon überzeugt, dass ihnen bei Gewalttaten gegen Jüdinnen und Juden freie Hand gelassen werden würde. Angriffe sowohl auf Synagogen als auch auf Einzelpersonen nahmen stark zu. Im Frühling des Jahres 1939 wurden Brandanschläge auf die Synagogen in Jihlava und Dobříš verübt, in Příbram kam es zu einem Pogrom. Im August 1939 wurde von ernst zu nehmenden judenfeindlichen Ausschreitungen in Brünn berichtet, bei denen mehrere Juden brutal attackiert und zusammengeschlagen wurden. In der Regel schritten jedoch die tschechischen Sicherheitsbehörden im Protektorat bei derartigen Ereignissen ein.
Die Synagoge in Třeboň, mit einem Hakenkreuz und der Karikatur eines erhängten Juden beschmiert. (Foto: Archiv des Jüdischen Museums Prag.)
In ihrer ersten Sitzung beschloss die Protektoratsregierung den Ausschluss jüdischer Ärztinnen und Ärzte aus öffentlichen Einrichtungen und den Ausschluss jüdischer Rechtsanwältinnen und Rechtsanwälte aus der Anwaltskammer. Jüdinnen und Juden sollten aus allen Führungspositionen in Industriebetrieben und anderen Organisationen entfernt werden. Die Regierung stimmte der Kennzeichnung arischer Geschäfte zu. Weitere Maßnahmen der Protektoratsregierung zielten darauf ab, den freien Handel mit jüdischem Eigentum zu verhindern und sicher zu stellen, dass es unter tschechische Verwaltung geriet. Dem wurde vom Reichsprotektor Konstantin von Neurath jedoch nicht zugestimmt, da die Behörden und deutsche Industriekreise selbst an diesem „arisierten“ jüdischen Eigentum interessiert waren.
So erließ der „Reichsprotektor“ am 21. Juni 1939 sein eigenes Dekret bezüglich jüdischen Eigentums, in dem zum ersten Mal die Kriterien der Nürnberger Rassegesetze zur Feststellung des „Judenseins“ Verwendung fanden. Der Erlass verbot Jüdinnen und Juden sowie vor allem jüdischen Betrieben den freien Handel mit deren eigenem Eigentum und der „Reichsprotektor“ führte eine Zwangsverwaltung für jüdische Betriebe ein.
Es war Jüdinnen und Juden verboten bestimmte Straßen, Plätze, Parks, Wälder und andere öffentliche Orte zu betreten. Ab September 1939 war es ihnen nicht mehr erlaubt sich nach acht Uhr abends noch außer Haus zu befinden. Ab November 1940 durften sie die Gemeinde, in der sie gemeldet waren, nicht mehr ohne gesonderte Erlaubnis verlassen. Weder durften sie Theater, Kinos, Lokale oder Cafés, noch Schwimmbäder, Bibliotheken sowie Sport- und Freizeitanlagen nicht mehr betreten. Im öffentlichen Nahverkehr mussten sie im letzten Abteil stehen, in Zügen war es ihnen verboten, die Speise- und Schlafwagen zu benutzen – und auch hier war die Beförderung für sie auf einen kleinen, speziell gekennzeichneten Bereich der Züge beschränkt. Auch Warteräume an Bahnhöfen durften sie nicht benutzen. Einkaufszeiten für Jüdinnen und Juden wurden auf zweimal zwei Stunden pro Tag beschränkt, später auf nur zwei Stunden pro Tag. Es wurden ihnen ihre Radios ebenso abgenommen wie ihre Haustiere. Diese und viele weitere, hier nicht aufgezählte Verbote zielten alle darauf ab, Jüdinnen und Juden zu demütigen und sie vom Rest der Gesellschaft zu isolieren.
Im Zuge der „Arisierung“ jüdischen Eigentums mussten Jüdinnen und Juden all ihr Eigentum, einschließlich ihrer Kunstgegenstände, Immobilien, Radios, Bankkonten und Versicherungspolicen offenlegen, ebenso ihren Schmuck anmelden. Später wurden diese Dinge sukzessive von den deutschen Behörden konfisziert. Jüdinnen und Juden wurden aus ihren Wohnungen vertrieben; in den ihnen neu zugewiesenen Unterkünften mussten oft mehrere Familien, die sich vorher nicht einmal kannten, auf engstem Raum zusammenleben. Ein Regierungserlass vom Oktober 1939 ermöglichte die Entlassung von Jüdinnen und Juden ohne Entschädigung und Prämien. Wenn sie ihre Arbeitsstellen behalten konnten, mussten sie getrennt von nicht-jüdischen Kolleginnen und Kollegen arbeiten und wurden von den Arbeitszeitenregelungen ebenso ausgenommen wie Sicherheits- und Gesundheitsvorschriften für sie nicht mehr galten. Auch konnten Jüdinnen und Juden jederzeit zu Zwangsarbeit herangezogen werden.
Zunächst wurden jüdische Kinder wurden aus deutschen Schulen ausgeschlossen, ab August 1940 durften sie auch keine tschechischen Schulen mehr besuchen, unabhängig davon, ob es sich um öffentliche oder Privatschulen handelte. 1941 wurden sämtliche Lehrgänge der jüdischen Glaubensgemeinschaften verboten und im Juli 1942 schließlich auch alle jüdischen Schulen geschlossen. Die einzige Bildungsmöglichkeit für jüdische Kinder bildete von nun an illegal organisierter Unterricht.
Ab März 1940 wurden jüdische Ausweise mit einem „J“ für „Jude“ versehen. Ab dem 1. September 1941 durften Juden, die älter als 6 Jahre waren, nur mehr außer Haus gehen, wenn sie den sogenannten „Judenstern“ an ihrer Kleidung angebracht hatten. Die Medien des Protektorats warnten die übrige Bevölkerung ausdrücklich vor jedem Kontakt mit Jüdinnen und Juden, versehen mit der Drohung, dass, wer diese Warnung in den Wind schlug, ebenso behandelt werden würde wie Jüdinnen und Juden.
"Juden und jüdischen Mischlingen ist es verboten, Zeitung zu lesen!" (Quelle: wikipedia, gemeinfreies Werk)
Offen ausgelebter Antisemitismus und staatliche Diskriminerung von Jüdinnen und Juden wurden für die Protektoratsbevölkerung zum Alltag. Dennoch unterstützten auch Tschechinnen und Tschechen ihre jüdischen Freundinnen, Freunde und Nachbarn und halfen jenen, die sich versteckten, um der Deportation zu entgehen, im Verborgenen zu überleben. Die meisten allerdings zeigten sich der Verfolgung der Juden gegenüber gleichgültig, da sie sich und ihre Familien nicht gefährden wollten.