Ve druhé polovině roku 1941 vstoupilo konečné řešení židovské otázky
, jak nacisté eufemisticky nazývali program
likvidace evropských Židů, do závěrečné fáze. Započala jejich masová likvidace, nejprve na okupovaných územích
tehdejšího Sovětského svazu. Provedením tohoto úkolu byly pověřeny SS a jim podřízené policejní složky. Koordinátorem
se stal šéf Hlavního úřadu říšské bezpečnosti (RSHA) Reinhard Heydrich, který k tomu dne 31. července 1941 obdržel
oficiální pověření od Hermanna Göringa, jako předsedy Ministerské rady pro obranu říše a Hitlerova zástupce. Hitler
byl netrpělivý a žádal, aby co nejdříve bylo zbaveno Židů Německo, Rakousko a Protektorát Čechy a Morava. Dne
27. září 1941 nastoupil Reinhard Heydrich do funkce zastupujícího říšského protektora. Znamenalo to i vystupňování
protižidovských opatření a urychlení příprav k zahájení nové fáze konečného řešení
na území Protektorátu.
Heydrich věnoval konečnému řešení
jednu z prvních porad svého nejužšího štábu dne 10. října 1941. Bylo na ní
rozhodnuto, aby několik tisíc Židů z protektorátu bylo deportováno do ghett v a Minsku, další pak byli nejprve soustředěni
v ghettu na území českých zemí. Za nejvhodnější místo pro tento účel byl označen Terezín. Toto rozhodnutí pak
bylo definitivně potvrzeno na další poradě 17. října 1941. V Terezíně, kde před válkou žilo asi 3 500 civilních
obyvatel a přibližně stejný počet vojáků, mělo být najednou umístěno 50 až 60 000 židovských vězňů. Za necelý
rok počet vězněných tohoto čísla skutečně dosáhl.
Do příprav na zřízení ghetta v Terezíně se musela zapojit i Židovská náboženská obec v Praze. Nacisté v jejích řadách záměrně vyvolávali iluze o tom, že ghetto bude samosprávným územím, kde Židé budou moci v klidu žít a pracovat až do konce války. Měl tak být udržen klid mezi budoucími oběťmi genocidy a získán čas pro jejich plánovitou a postupnou likvidaci bez narušení života Protektorátu.
Dne 24. listopadu 1941 dorazila do Sudetských kasáren v Terezíně skupina 342 mladých židovských mužů, příslušníků tzv. komanda výstavby. Jejím úkolem bylo připravit další objekty ve městě pro přijet dalších transportů, které začaly do vznikajícího ghetta proudit od 30. listopadu 1941. Lidé zařazovaní do transportů dostávali obsílky a shromažďovali se na určených místech ve větších českých městech. Předtím museli odevzdat veškerý majetek a ponechat si maximálně 50 kg zavazadel. V několika dnech byly na shromaždištích vyřizovány administrativní záležitosti a poté odjížděly transporty do Terezína. Tam byli jejich příslušníci umisťováni na hromadné ubikace v těch nejprimitivnějších podmínkách. Zpočátku zůstávaly rodiny pohromadě, záhy však došlo k jejich rozdělení a oddělenému ubytování mužů, žen a dětí. To ještě stupňovalo psychický tlak na vězněné. Jen za první měsíc bylo do Terezína deportováno 7 350 Židů z Protektorátu. Transporty přijížděly na nádraží v Bohušovicích nad Ohří, vzdálených asi 2,5 kilometru od Terezína. Odtud pokračovaly pěšky. Mnozí ze starých a nemocných vězňů cestu nepřežili.
Pánem nad životem a smrtí vězňů byla táborová komandantura SS v čele s táborovým velitelem. V této funkci se postupně
vystřídali dr. Siegfried Seidl, Anton Burger a Karl Rahm - všichni v hodnosti SS-Obersturmführer. Komandantura podléhala
pražské Ústředně pro židovské vystěhovalectví. Ta byla v srpnu roku 1942 přejmenována na Ústřední úřad pro
uspořádání židovské otázky v Čechách a na Moravě. Tento název lépe, třebaže pokrytecky vystihoval funkci tohoto
řídícího centra pro konečné řešení židovské otázky
v protektorátu. Příslušníci komandantury týrali vězně
nepřímo prostřednictvím celého systému příkazů a zákazů, do detailů znepříjemňujících život vězňů, ale
i přímo, zejména v pověstných bunkrech pod táborovou komandanturou, kde své oběti vyslýchali a mučili. V ghettu
se také v lednu a únoru 1942 konaly dvě hromadné popravy. Oběšeni tehdy byli vězni, kteří se dopustili nicotných
přestupků, jako bylo nedovolené odeslání zprávy z ghetta či nepozdravení příslušníka SS. Ve snaze udržet klid
v táboře a nevyprovokovat vzpouru vězněných postupovala komandantura později jinak. Potrestaní vězni byli odesíláni
do nedaleké policejní věznice pražského gestapa v terezínské Malé pevnosti. Tam bylo zacházení s židovskými vězni
tak kruté, že se pro ně fakticky rovnala vyhlazovacímu táboru. Jinou cestou likvidace pak bylo zařazování vězňů
do na Východ s tzv. Weisungem
(zvláštním nařízením), což většinou znamenalo pokyn k popravě dotyčného vězně
okamžité poté, co transport dorazil na místo určení.
Pověstné bunkry pod táborovou komandanturou.
Podobně jako v jiných ghettech a koncentračních táborech byla v Terezíně vytvořena tzv. židovská samospráva. Jak vedení této samosprávy, tak její administrativa však musely plnit příkazy SS a měly jen minimální možnosti poněkud ulehčit osud vězněných. V čele samosprávy stál židovský starší (Judenältester) se svým zástupcem, poradním orgánem byla rada starších (Ältestenrat). Administrativa byla členěna na sekretariát a pět hlavních oddělení. Později se počet oddělení zvýšil na devět. Ve funkci židovského staršího působili postupně Jakob Edelstein, dr. Paul Eppstein a dr. Benjamin Murmelstein.